Официальный сайт ФНКЦ РР
8 (495) 641-30-06 многоканальный
8 (495) 139-98-33 госпитализация
fnkcrr @ fnkcrr.ru для обращений
Гостиница ⭐⭐⭐

Версия для слабовидящих

ФНКЦ РР
×
  • О центре
    • Директор Центра
    • Администрация
    • Документы
    • Научные мероприятия
    • Научно-организационный отдел
    • Патенты
    • Монографии, руководства, пособия для врачей
    • Вакансии
    • Конкурс на замещение должностей научных работников
    • Книга отзывов
    • Задать вопрос специалисту
    • Контакты, адреса
  • НИИ Р
  • НИИ ОР
    • Диссертационный совет
    • Ученый совет
    • Симуляционный центр
    • Администрация
    • Об институте
    • Журнал «Общая реаниматология»
    • Библиотека НИИ ОР им. В.А. Неговского
    • Контакты
  • Образование
    • ПРИЕМНАЯ КАМПАНИЯ 2020
    • Сведения об образовательной организации
    • Образование
    • Симуляционный центр
    • Контакты
  • Санаторий
  • Референс-центр
  • Прочее
    • ИРК «Поречье»
    • Дом учёных
    • Научные журналы
    • Мультимедийная галерея
    • Гостиница ФНКЦ РР ⭐⭐⭐

Представляем Вашему вниманию научную публикацию сотрудников ФНКЦ РР в журнале Scientific reports (группа Nature, Q1, импакт-фактор 3,99) «Картирование цитокинов: тканеспецифическая экспрессия, eQTLs и GWAS фенотипы»

Представляем Вашему вниманию научную публикацию сотрудников ФНКЦ РР в журнале Scientific reports (группа Nature, Q1, импакт-фактор 3,99) «Картирование цитокинов: тканеспецифическая экспрессия, eQTLs и GWAS фенотипы»
08.09.2020Новости ФНКЦ РРнаучные публикации

Л.E. Сальникова, М.В. Хаджиева, Д.С.Колобков, А.С. Грачева, А.Н. Кузовлев, С.К. Абилев. Картирование цитокинов: тканеспецифическая экспрессия, eQTLs и GWAS фенотипы // Sci Rep. 2020; 10: 14740. https://doi.org/10.1038/s41598-020-71018-6

L.E. Salnikova, M.B. Khadzhieva, D.S. Kolobkov, A.S. Gracheva, A.N. Kuzovlev, S.K. Abilev. Cytokines mapping for tissue-specific expression, eQTLs and GWAS traits// Sci Rep. 2020; 10:14740. https://doi.org/10.1038/s41598-020-71018-6

Аннотация:

Нарушения регуляции продукции цитокинов связаны с патогенезом различных иммуноопосредованных заболеваний, острых и хронических инфекций, а также многих других хронических состояний. В этиопатогенез этих нарушений свой вклад вносит генетическая вариабельность генов цитокинов. Широкогеномные ассоциативные исследования (GWAS) выявили множество генетических вариантов в генах цитокинов или генов, находящихся рядом с ними, однако проблема интерпретации результатов, выявление роли цитокинов в развитии многофакторных заболеваний остается весьма актуальной. Целью работы является сбор, анализ и интерпретация данных о цитокинах: изучение тканеспецифичности экспрессии генов цитокинов человека, анализ полиморфных вариантов, ассоциированных с изменением уровня экспрессии данных генов в различных тканях человека и их вклад в развитие заболеваний по данным GWAS каталога. Генетические варианты, связанные с изменением уровня экспрессии генов, называют локусами количественных признаков экспрессии (eQTL, expression quantitative trait loci). С помощью аннотаций генных онтологий был составлен список из 314 генов, кодирующих белки с цитокиновой/хемокиновой активностью и рецепторов цитокинов/хемокинов. При использовании базы данных GTEx V8 для этого списка генов были получены значения по экспрессии в 54 тканях 948 человек, а также были определены eQTLs для данных генов. Цитокины высоко тканеспецифичны, 82.3% цитокинов имели показатели экспрессии Tau ≥ 0.8; данный показатель варьирует от 0 (экспрессия постоянна во всех тканях) до 1 (экспрессия специфична для одной ткани). Корреляция между уровнями экспрессии генов цитокинов в различных тканях была высокой, однако самые низкие уровни корреляции наблюдались для клеток крови и иммунных клеток и тканей (ВЭБ-трансформированные лимфоциты, селезенка и цельная кровь) как между собой, так и с другими тканями. Всего в NHGRI‑EBI GWAS каталоге было обнаружено 3077 ассоциаций для 1760 уникальных SNPs (однонуклеотидных полиморфных варианта) в 244 генах цитокинов или около них. Согласно ресурсу Experimental Factor Ontology (EFO), наибольшее число пересечений по ассоциациям SNP-фенотип было связано с «воспалительными заболеваниями», «заболеваниями иммунной системы» и «астмой». Анализ на основе GTEx показал, что среди SNP из GWAS каталога 1142 варианта обладают эффектами eQTL и влияют на уровни экспрессии 999 генов, в том числе 178 цитокинов. Несколько типов анализа обогащения показали, что именно вариабельность экспрессии цитокинов вносит фундаментальный вклад в молекулярное происхождение рассматриваемых иммунноопосредованных состояний.

Summary

Dysregulation in cytokine production has been linked to the pathogenesis of various immune-mediated traits, in which genetic variability contributes to the etiopathogenesis. GWA studies have identified many genetic variants in or near cytokine genes, nonetheless, the translation of these findings into knowledge of functional determinants of complex traits remains a fundamental challenge. In this study we aimed at collection, analysis and interpretation of data on cytokines focused on their tissue‑specific expression, eQTLs and GWAS traits. Using GO annotations, we generated a list of 314 cytokines and analyzed them with the GTEx resource. Cytokines were highly tissue‑specific, 82.3% of cytokines had Tau expression metrics ≥ 0.8. In total, 3077 associations for 1760 unique SNPs in or near 244 cytokines were mapped in the NHGRI‑EBI GWAS Catalog. According to the Experimental Factor Ontology resource, the largest numbers of disease associations were related to ‘Inflammatory disease’, ‘Immune system disease’ and ‘Asthma’. The GTEx‑based analysis revealed that among GWAS SNPs, 1142 SNPs had eQTL effects and influenced expression levels of 999 eGenes, among them 178 cytokines. Several types of enrichment analysis showed that it was cytokines expression variability that fundamentally contributed to the molecular origins of considered immune-mediated conditions.

Статью можно прочитать здесь:
You can read this article here:
https://www.nature.com/articles/s41598-020-71018-6

Навигация по новостям

  • Новостная лента
    • Новости НИИ ОР им. В.А. Неговского
    • Новости Санатория «Узкое»
    • Новости ФНКЦ РР

Мы вКонтакте

Последние новости

  • Историческая рубрика «Выдающиеся личности в истории Санатория “Узкое” ФНКЦ РР»: гениальный ученый и конструктор, академик Сергей Павлович Королев 25.01.2021
  • Заседание Бюро Отделения медицинских наук РАН 20.01.2021
  • Научные сотрудники Федерального научно-клинического центра реаниматологии и реабилитологии (ФНКЦ РР) опубликовали статью “ Этиотропная терапия COVID-19: критический анализ и перспективы”, Белобородова Н.В., Зуев Е.В., Замятин М.Н., Гусаров В.Г. 19.01.2021
  • ФНКЦ РР стал победителем Всероссийской премии ПроДокторов 2020 15.01.2021
  • Федеральный научно-клинический центр реаниматологии и реабилитологии Министерства науки и высшего образования Российской Федерации (ФНКЦ РР) включен в перечень федеральных государственных учреждений, оказывающих высокотехнологичную медицинскую помощь, не включенную в базовую программу обязательного медицинского страхования, гражданам Российской Федерации, на 2021 год 11.01.2021
  • Новогоднее видеопоздравление Министра науки и высшего образования Российской Федерации Фалькова В.Н. 28.12.2020
  • Поздравление сотрудников ФНКЦ РР с наступающим Новым годом! 25.12.2020
  • Заседание Секции профилактической медицины Отделения медицинских наук РАН 24.12.2020
  • IV Российский конгресс с международным участием «Физическая и реабилитационная медицина» 19.12.2020
  • В НИИ общей реаниматологии им. В.А. Неговского ФНКЦ РР состоялось заседание диссертационного совета 18.12.2020

Метки

COVID-19 Ёхина Гречко ИВДПО Кузовлев Лебединский Министерство науки и высшего образования Молчанов Мороз Московский дом Анны Ахматовой НИИОР Неговского Петрова Пряников Пузин РАН Санаторий Узкое Санаторий Узкое ФНКЦ РР ФРМиМР Щелкунова библиотека санатория Узкое всероссийская конференция день медицинского работника день рождения доклад журнал ФНКЦ РР журнал общая реаниматология заседание РАН конгресс конкурс конференция коронавирус круглый стол лекция международная конференция международный конгресс научно-практическая конференция научные сотрудники новый год праздник праздник 9 мая радио совет молодых учёных сотрудники ФНКЦ РР федерация анестезиологов и реаниматологов школа родственника

Адреса, контакты

8 (495) 641-30-06

fnkcrr@fnkcrr.ru

деревня Лыткино, 777

Последние новости

  • Историческая рубрика «Выдающиеся личности в истории Санатория “Узкое” ФНКЦ РР»: гениальный ученый и конструктор, академик Сергей Павлович Королев Янв 25
  • Заседание Бюро Отделения медицинских наук РАН Янв 20
  • Научные сотрудники Федерального научно-клинического центра реаниматологии и реабилитологии (ФНКЦ РР) опубликовали статью “ Этиотропная терапия COVID-19: критический анализ и перспективы”, Белобородова Н.В., Зуев Е.В., Замятин М.Н., Гусаров В.Г. Янв 19

Противодействие коррупции

Политика обработки персональных данных

Согласие на обработку персональных данных

Отдел информационных технологий ФНКЦ РР © 2016-2021

Яндекс.Метрика

Яндекс.ИКС